15 Temmuz 2016'daki darbe girişimi sırasında İstanbul'da tankın üzerindeyken açılan ateşle omuriliğinden yaralanan ve tedavi sürecini yatağa bağlı geçiren Algan, yaşamını kaybetti.

İki çocuk babası Halil Algan’ın naaşı, uçakla Mardin Prof. Dr. Aziz Sancar Havalimanı’na getirildi ve burada Vali Yardımcısı Büşra Uçar Koyun, Kızıltepe Kaymakamı Abdullah Şahin, İlçe Emniyet Müdürü İlhan Özdemir ve yerel yöneticiler tarafından karşılandı. Algan’ın naaşı, Türk bayrağına sarılı olarak cenaze nakil aracına taşındı ve kara yoluyla Midyat ilçesine götürüldü.

Midyat’ın Şenköy Mahallesi’ndeki Ulucami’de İl Müftü Vekili Ergün Bulunmaz’ın kıldırdığı cenaze namazının ardından Halil Algan, mahalledeki mezarlıkta toprağa verildi. Cenaze törenine katılanlar arasında, FETÖ'nün darbe girişimine karşı koyarken ayağından vurulan Mardinli gazi Mesut Tatlıdede de vardı. Tatlıdede, Halil Algan’ın ülkesine, bayrağına ve toprağına olan sevgisini vurgulayarak, "Halil ağabey asla unutulmayacak. Allah mekanını cennet eylesin." dedi.

Törende, Halil Algan’ın oğlu Hasan Algan’a Türk bayrağı teslim edilerek, yaklaşık 25 metre uzunluğundaki Türk bayrağı taşındı. Cenazeye, AK Parti Mardin Milletvekili Faruk Kılıç, MHP İl Başkanı Ferhan Bozkuş, eski AK Parti milletvekilleri Nihat Eri ve Cengiz Demirkaya gibi birçok isim katıldı.